Karaimų liturgija buvo sutvarkyta XIII a. pabaigoje. Tai atliko to meto karaimas Aaronas Vyresnysis, gyvenęs 1260(?) – 1320 metais. Jis buvo garsus mokslininkas, filosofas, teologas, egzegetas, poetas, gydytojas. Aaronas Vyresnysis gimė ir gyveno Solchato mieste (dabar – Staryj Krym), vėliau – Konstantinopolyje. Aarono sutvarkyta maldaknygė dviejų knygų pavidalu pirmą kartą atspausdinta 1528-1529 m. Venecijoje.
Naujausia karaimų maldaknygė išleista 1998-99 m. Vilniuje dviejų knygų pavidalu (I knyga skirta liturginių metų ciklui, II – apeigoms).
Pats liturginis karaimiškų pamaldų vyksmas priklauso nuo kelių veiksnių – nuo paros laiko (išvakarės ar rytas), nuo dienos reikšmingumo (eilinė diena ar šeštadienis), nuo konkrečios metų kalendoriaus progos. Kiekviena papildoma sąlyga savaip koreguoja pamaldų sąrangą, praplečia jos šerdį. Turinio prasme pamaldas sudaro šlovinimo, dėkojimo, atgailos, maldavimo, prašymo maldos. Jų tekstai grindžiami psalmėmis ir kitais bibliniais tekstais, o iškilmingi himnai – dažniausiai autorinė kūryba. Meldžiamasi gimtąja karaimų kalba.
Melstis karaimams galima ir po vieną, atskirai, ir grupėn susirinkus kenesoje. Prieš maldą patartina nepersivalgyti, nevartoti alkoholio. Į Viešpaties namus reikia įžengti nuolankiai nusiteikus, susikaupus. Maldos vertingumas priklauso ne nuo žodžių kiekio, o nuo jausmų gilumo, dievobaimingumo ir tikėjimo. Meldžiamasi veidu į pietus.
Aukščiausias hierarchas, Karaimų Bažnyčios galva yra hachanas, anksčiau buvęs ir religiniu, ir pasaulietiniu bendruomenės vadovu bei dvasinės valdybos pirmininku. Aukščiausiojo dvasininko ir dvasinės valdybos pirmininko pavaduotojas bei sekretoriato vadovas yra vyresnysis dvasininkas (ullu hazzan). Dvasininkas, atitinkantis Romos katalikų parapijos klebono rangą, yra hazzanas. Pagrindinė jo funkcija – patenkinti religinius savo bendruomenės (džymat) poreikius.
1927 m. Trakuose hachanu buvo išrinktas Chadži Seraja Chan Šapšalas (1873-1961), garsus orientalistas, filologas, buvęs vyriausias Krymo karaimų dvasininkas, ir paskelbta Lietuvos-Lenkijos karaimų autokefalija, pratęsianti hierarchinę Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės Karaimų Bažnyčios (religijos) nepriklausomybę. 1940 m. Šapšalas buvo priverstas atsisakyti savo pareigų, kurių po jo jau nieks ir nebeužėmė. 1992 m. karaimų bendruomenei, kaip nuo XIV a. Lietuvoje egzistavusios karaimų religinės bendruomenės teisių perėmėjai, suteiktos juridinio asmens teisės, ji pripažinta tradicine Lietuvos religine bendruomene.